Пещера находится вблизи берега Байкала, на горе Скрипер, примерно в 7 километрах к северу от поселка Коты и в 25 километрах к северу от села Лиственичного. К пещере лучше всего подойти горной тропой из поселка Коты через падь Сенную и далее через перевал Скрипер спуститься в падь Скрипер. Пещера расположена в труднодоступной скале, сложенной из конгломератов, на высоте около 200 метров над уровнем озера. Большое отверстие пещеры хорошо видно налево от тропы, идущей с перевала Скрипер к Байкалу.
Скала на горе Скрипер, в которой находится пещера
Широкий вход в пещеру обращен на юго-восток, т. е. в сторону озера. Часть входа завалена обвалившимися с потолка пещеры глыбами конгломерата. Внутри пещера имеет два ответвления длиной 6 и 8 метров, шириной до 3,5 метра и высотой до 4 метров. Общая площадь ее около 60 кв. метров. Ранее пещера имела второй вход, который сейчас завален конгломератами.
В культурных слоях пещеры, на различных глубинах, были обнаружены остатки двух культур: новокаменного и железного веков. В нижних слоях пещеры, на глубине 45-48 сантиметров, в плотном буром слое земли были найдены каменные орудия (наконечники стрел, ножевидные пластинки, скребки для очистки шкур животных и др. орудия), фрагменты глиняной посуды с разнообразным орнаментом и следы кострища. В верхнем слое, на глубине 28 сантиметров от поверхности, найдены железные наконечники стрел, костяные шилья, бруски из мелкозернистого песчаника, фрагменты глиняной посуды серого цвета (курыканское время), а также кости лошади, зубы кулана-джегетая, челюсти нерпы и кости птиц. Среди фрагментов посуды железного века оказалась уникальная находка - днище сосуда с древнетюркскими знаками. Это уже вторая находка сосуда с такими знаками на побережье озера Байкал.
План и разрез пещеры на горе Скрипер
По словам местного населения; в пещере Скрипер в старину находили скелеты человека и около них железные стрелы. По-видимому, в железный век пещера на горе Скрипер была также и местом для захоронения умерших.
Так как пещера находится на высокой скале, она служила прекрасным наблюдательным и сторожевым пунктом. С площадки у пещеры древними обитателями подавались огневые и дымовые сигналы на ближайшие городища. Такая сигнализация, как известно, находила широкое применение в начале нашей эры у народностей тюркского происхождения. Возможно, что эту сигнализацию использовали и курыканы, жившие на побережье озера Байкал.
Вблизи пещеры Скрипер на невысокой террасе озера Байкал находится стоянка новокаменного века, обитатели которой, по-видимому, находили временный приют в пещере зимой или во время непогоды. Фрагменты глиняной посуды новокаменного века, найденные в пещере и на данной стоянке, имеют полное сходство.